La imagen de Jesús fue retirada de la iglesia el sábado 18 de julio de 1936 por la tarde y se ocultó en una especie de sepulcro de cemento hecho al efecto en la cripta de la iglesia, envuelta en unas sábanas y colocada en una caja de roble a fin de preservarla mejor de la humedad. Y como el sepulcro estaba hecho precisamente en la parte de la cripta que no está habilitada y se hallaba llena de escombros, se cubrió de éstos a fin de que quedase más oculta y despistada.
Allí estuvo por espacio de siete meses, hasta mediados de febrero de 1937, en que fue encontrada providencialmente; y digo que su encuentro fue providencial porque de otro modo se hubiese echado a perder por entero como luego diremos.
En cierta ocasión en que el cocinero del batallón estaba buscando astillas por aquella parte de la cripta llena de escombros, sucedió que al levantar un pedazo de tabla notó que la tierra hacía al caer sobre la caja donde se encontraba la imagen ese ruido especial e inconfundible que es de todos conocido. El cocinero admirado y con mucho miedo, pues creía que algún cadáver se encontraba allí enterrado, dio parte a uno de los oficiales, el cual hizo las convenientes excavaciones durante la noche hasta dar con la venerada imagen. Al encontrarla dio parte de ello a la superioridad. Se puso en conocimiento de Margarita Nelken, cuyo nombre llevaba el batallón instalado en el convento; del general Miaja, del gobernador de Madrid, etc... todos los cuales acudieron a los salones contiguos a la sacristía de la iglesia donde había sido colocada la imagen. Identificada previamente se deliberó sobre lo que convenía hacer de ella.
Luego de encontrarla, se notó que estaba llena de humedad e incluso la túnica interior estaba materialmente empapada y la humedad había comenzado su obra destructora en algunas partes de la imagen, singularmente en los pies.
Muchos fueron los pareceres sobre lo que convendría hacer con la imagen y el destino que se le habría de dar. Margarita Nelken era del parecer de llevase a Bilbao a fin de que los nacionalistas vascos le diesen culto y así demostrar ante el mundo que no se perseguía a los católicos y no se destruían las imágenes. Esta idea no fue del agrado de todos, prefiriendo otros se quedase en depósito donde se encontraba, juntamente con otras imágenes y objetos de culto de la iglesia. No faltaron quienes propusieron la idea de que se llevase a algún Museo donde asimismo habían ido a parar otras imágenes de gran veneración.
Un buen día se presentaron ante la iglesia varios camiones de guardias de Asalto con la orden del general Miaja de hacerse cargo de la imagen y llevarla al Museo de Valencia. Así se hizo efectivamente, siendo escoltada durante todo el trayecto desde Madrid a Valencia por los mencionados guardias de Asalto hasta depositarla en un Museo de aquella ciudad levantina.
Allí estuvo desde el mes de febrero de 1937 hasta los últimos meses de 1938 , en que sigilosamente fue sacada del Museo y transportada a Cartagena, de aquí a Barcelona y de esta ciudad a Figueras siendo más tarde llevada a Ginebra con el fin de que formase parte de la famosa Exposición de Arte que allí se proyectaba. Pocos meses después la guerra española tocaba a su fin.
El primer cuidado de los superiores fue el saber a ciencia cierta el paradero de la imagen, y conseguido, se determinó que uno de nuestros padres, el P. Laureano de las Muñecas, se trasladase cuanto antes a Ginebra y, una vez hechos los trámites necesarios traerla cuanto antes a su iglesia.
El día 8 de mayo de 1939, juntamente con otros muchos vagones que trasportaban a España valiosas obras de arte, sobre todo del Museo del Prado, salía de Ginebra la imagen de Jesús, pasando en tren especial directo por Francia y España, y llegaba a Madrid el 13 por la noche. La imagen fue bajada del tren en la estación de Pozuelo de Alarcón, colocada en una furgoneta y luego llevada a la iglesia de la Encarnación, donde quedó en depósito hasta el siguiente día 14, señalado para su entrada triunfal…
Era un domingo radiante como pocos. Madrid entero se había volcado en las calles por donde había de pasar la imagen… En medio de vivas entusiastas, precedida de unos seiscientos entre Flechas y Pelayos que agitaban en sus manos blancas palmas traídas expresamente de Elche, semejando aquello la entrada triunfal de Jesús en Jerusalén, la imagen recorrió las calles madrileñas y llegaba a la plaza de Jesús y se detenía ante su iglesia para recibir las últimas aclamaciones, sin duda más solemne que la primera después de su rescate de los moros en 1682.
Nuestro Padre Jesús Nazareno, después de casi tres años, ha vuelto a ocupar su trono, que la devoción de los fieles había levantado para desde él derramar de nuevo sus gracias y dones sobre los muchos devotos.